在公元1608年，利玛窦的《坤舆万国全图》由明朝宫廷的内监摹绘了12份彩图，现在有一份由南京博物院收藏，也成为南京博物院的镇馆之宝。《国家宝藏》第一季里所录制的南京博物院的几个国宝之一，其中就包括利玛窦《坤舆万国全图》的这份母本。
在这份母本中，与之前有所不同的是，它增加了一些彩绘图案，包括各大洋，各种帆船9艘，鲸鱼、鲨鱼、海狮等海生动物15头。南极大陆上绘有陆上动物，包括犀牛、大象、狮子、鸵鸟等8种。所以整幅地图看起来非常地精美，堪称国宝。
利玛窦在公元1583年—公元1588年间，与罗明坚还合作编写了一部辞书《葡汉辞典》。这本小辞典首开以拉丁字母标注汉字读音的先河，成为汉字拉丁字母拼音方案的鼻祖。这本辞典有点类似一部葡萄牙语和汉语对照的词汇表。每一页的编排基本分成三栏：葡萄牙语的词条、拉丁字母的注音和汉语的词条。葡语是按照字母排列，包括有单词、短语，甚至还有短句，一共6000多个。汉语的词条有5461个，大约有540多个葡语词条没有汉语的对应词。整个辞典结构简略，只有葡汉词汇对照，很像现在外语教材中的词汇表。
由于这个辞典是利玛窦他们学习汉语所用，里面收录了大量的口语词汇。对于现在去研究明末口语的白化具有极其珍贵的语言学价值。已经有很多的语言学家通过对这部辞典手稿的研究，考证出当时的官话是以南京官话为正音的。
利玛窦来华不久后，他发现他们最初所模仿的僧人打扮有一些问题。因为在当时僧人的社会地位并不高，反而是通过科举走上仕途的儒生受到人们的尊敬。这时候利玛窦的思想发生了重要转变，他从原来的僧人式打扮，改为留须、留发、戴儒冠、着童身服，见客时以秀才礼。合儒易佛的路线确立之后，结交中国传统的士大夫就成为了以利玛窦为代表的耶稣会士的首要任务之一。
其中与利玛窦交好的就有徐光启、李之藻等儒家学者。利玛窦与徐光启、李之藻等一起合作翻译了近代西方的很多科技著作。比如，他和徐光启合译了欧几里得的《几何原本》，与李之藻合译了《浑盖通宪图说》《同文算指》等。这些译著的问世，开创了西方数学传入中国的先河，对晚明数学的发展做出了巨大的贡献。
著名的数学家丘成桐先生曾说，“400多年前，被誉为‘沟通中西文化第一人’的利玛窦把现代数学引进了中国，而他就是在肇庆开始传播《欧几里德几何》等现代数学著作。因此，从某种意义上说，中国现代数学起源于肇庆。”受到利玛窦的影响，当时中国的士大夫开始运用数学语言和逻辑推理的思维方式，引进西方的思想和方法来完善中国的传统数学，这使得传统的数学重现了生机与活力。
利玛窦在南昌与建安王交往的时候，曾经被询问到西方人对于友谊的看法，于是利玛窦就把欧洲关于友谊的一些格言整理翻译成中文，编纂出版了一本《交友论》。这是一部从古罗马到文艺复兴时期，西方哲学家论友谊格言警句的作品汇编。
在明末清初，儒家重视“四伦”，而在忽视友谊的伦理体系中，利玛窦的《交友论》对中国士大夫来说无疑是一石激起千层浪，一经面市，多次再版，编入了多部汉语丛书，逐渐融入了中国思想伦理的宝库。
公元1601年，利玛窦到北京后，夜以继日地工作，结交达官名士，给新教徒做洗礼，培养新的传教士，修建教堂，疲惫不堪，他的人生旅程也即将走到终点。公元1610年5月11日，利玛窦在重病七天之后在北京逝世。从公元1582年来到澳门，他在中国渡过了人生中最宝贵的30年。按照当时的惯例，来华客死中国的传教士均要葬在澳门。但是教友们为了遵从利玛窦生前的遗愿，希望把他葬在北京。耶稣会士庞迪我向万历皇帝上呈，恳求能破例赐一块地方埋葬利玛窦。在内阁大学士叶向高等人的多方努力下，得到了万历皇帝的诏准，赐北京阜成门外二里沟滕公栅栏作为利玛窦的墓地。这在中国是史无前例的，这个地方后来就成为了来华传教士的集体墓地。
2001年10月，罗马教皇保罗二世在《利玛窦到北京400周年国际学术研讨会致词》中给予利玛窦高度的评价：“利玛窦神父最大的贡献是在‘文化交融’的领域上。他以中文精编了一套天主教神学和礼仪术语，使中国人得以认识耶稣基督，让福音喜讯与教会能在中国文化里降生。由于利玛窦神父如此地道的‘做中国人中间的中国人’，使他成为大‘汉学家’，这是以文化和精神上最深邃的意义来说的，因为他在自己身上把司铎与学者、天主教徒与东方学家、意大利人和中国人的身份，令人惊叹地融合在一起。”
在中国，2000年在北京修建了中华世纪坛，其中有个巨型浮雕《中华千秋颂》，里面有100多位对中华文明做出贡献的历史名人，其中有两位是外国人，一位就是马可·波罗，另一位就是利玛窦。他们两人在中西文化交流史上做出了不可磨灭的贡献。马可·波罗把中国介绍给世界，而利玛窦则把世界介绍给中国。
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